Наука и технологии России

Вход Регистрация

«Все уедут, а оборудование останется»: мегагранты по-русски

Император Диоклетиан после двадцати лет на римском престоле уехал в деревню сажать капусту. И сколько его ни просили приближённые, так и не вернулся обратно, мотивируя свой отказ богатым урожаем. Выращивать в деревне капусту, а может, и какие другие овощи-фрукты мечтает и известный биолог Алексей Кондрашов, один из победителей конкурса мегагрантов Минобрнауки России. Он даже арендовал для этих целей 10 гектаров земли в Костромской области. Однако говорит, что займётся огородничеством только на пенсии. Пока же даже самый богатый урожай не способен оторвать его от вопросов эволюционной геномики, по крайней мере в ближайшие два года.

Алексей_Кондрашов
Алексей Кондрашов: «Количество усилий и бумаг, которые понадобились, чтобы это всё началось, не лезет ни в какие ворота»
Справка STRF.ru:
Кондрашов Алексей Симонович, эволюционный биолог, профессор Института биологических наук и кафедры экологии и эволюционной биологии Мичиганского университета. Окончил биофак МГУ, до отъезда за рубеж работал в Научно-исследовательском вычислительном центре АН СССР в Пущино. В США ранее работал в Университете Висконсина, Чикагском университете, Университете Орегона, Корнельском университете, Национальном центре биотехнологической информации.
В настоящее время учёный возглавляет лабораторию эволюционной геномики, созданную на факультете биоинженерии и биоинформатики МГУ на деньги выигранного в 2010 году мегагранта

Дрозофилы на 150 миллионов

Мегагрант в 150 миллионов рублей профессор Кондрашов получил на создание в Московском университете лаборатории эволюционной геномики. Лаборатория изучает мутационный процесс и естественный отбор, используя для этой цели сравнение последовательностей ДНК. Тема одного из проектов, работа над которым ведётся сейчас, – взаимосвязь эволюции соседних нуклеотидных позиций в геноме.

«Дрозофила чернобрюхая (Drosophila melanogaster) и дрозофила похожая (Drosophila simulans) произошли от общего предка. Сейчас у них последовательности ДНК отличаются примерно на 10 процентов. При их сравнении мы видим, что замены, по которым они отличаются, происходят коррелированным образом, – объясняет исследователь. – Если в какой-то позиции эти два вида дрозофил различаются из-за замены, которая произошла в линии melanogaster, то в соседнем месте замена, скорее всего, тоже будет в линии melanogaster. Мы эту корреляцию обнаружили и теперь пытаемся понять, в чём здесь дело. Мы думаем, что это так называемый эпистатический отбор. Грубо говоря, первая замена дрозофилу испортила, а вторая нужна, чтобы всё исправить».

Параллельно команда профессора Кондрашова разработала новый метод. Название у него тяжеловесное – «Обнаружение положительного отбора в прошлом по действию отрицательного отбора в настоящем», но основан он на довольно простом рассуждении: отрицательный отбор, задача которого – отсекать новые мутации, потому что старый вариант гена лучше, всегда начинается как классический дарвиновский отбор, направленный на закрепление новых полезных мутаций.

«Представим себе, что у меня возник новый вариант гена и он почему-то полезнее старого. Он в популяции зафиксируется. Если после этого условия не меняются, то такой положительный отбор превращается в отрицательный, потому что этот исходно редкий хороший вариант становится нормой, а те варианты, которые были с самого начала, хотя и будут снова воспроизводиться в популяции за счёт мутаций, будут отсекаться как не такие полезные. Идея-то достаточно примитивная, – машет рукой профессор, а потом с гордостью добавляет. – Но до нас эту тривиальную идею никто не придумал».

Время для пенсии

Сейчас в команде Алексея Кондрашова работают 11 человек, и их всех смело можно назвать молодыми учёными. Вообще, возраст исследователя для профессора – момент важный. «В мегагрантах возраст, конечно, никак не оговорен, – замечает учёный, намекая на то, что среди мегагрантщиков есть и весьма пожилые. – Но и в Америке сейчас так же. Средний возраст человека, получающего свой первый грант, 45 лет. А в 45 лет надо карьеру скорее заканчивать, чем начинать».

– Вам уже больше 45-ти, и Вы карьеру пока не закончили, – недоумеваю я.

– Но и представить себя в 65 лет пишущим формулы я тоже не могу.

Бывают учёные, которые и на старости лет продолжают заниматься наукой, но это не для меня.

Я хочу выйти на пенсию по возможности вовремя, чтобы в Костромской области выращивать экологически чистые овощи и фрукты, потому что взял уже там в аренду 10 гектаров земли и надеюсь этим заниматься, когда буду на пенсии.

Однако, глядя на то, с каким интересом профессор рассказывает о своих исследованиях, я ловлю себя на мысли, что он всё-таки лукавит.

– А преподавать после 45 лет учёному можно? – спрашиваю.

– Преподавать, – отвечает, – можно, но – смотря кому, – и добавляет, что для него, например, курс лекций, прочитанный в прошлом году в Московском университете, был «успокаивающей психотерапией». А потом много и красочно, практически в стиле Михаила Задорнова, начинает рассуждать об отличиях наших и американских студентов. В этих рассказах Россия выигрывает с большим отрывом. Однако когда речь заходит об организации науки, сравнение уже не в нашу пользу.

«Там [в США], когда нанимают на работу профессора, ему сразу предоставляют подготовленное помещение. Сейчас меня де-факто наняли на работу профессором в МГУ. Я приезжаю, на меня смотрят и говорят: “А чего Вы сюда приехали?” Я никого не ругаю, просто никто не был к этому готов, – поясняет Кондрашов. – Мы сами всё делали: ходили, искали какие-то комнаты».

– Нашли?

– Ну, как сказать… У нас есть место в Институте проблем передачи информации РАН, где работает мой ученик Егор Базыкин (также сотрудник лаборатории эволюционной геномики МГУ. – STRF.ru), и на факультете [биоинженерии и биоинформатики] нас к себе сугубо по личной дружбе пускает профессор Андрей Миронов. Мне только удалось выбить комнаты для суперкомпьютера и для геномного секвенатора «Иллюмина» – и то со скрипом. После этого просить помещение, где мы могли бы ещё и сесть, я уже не стал. Фактически никакого места, где мы работали бы, у нас нет.

лаборатория
Так выглядит лаборатория эволюционной геномики сейчас

Лэптопная наука

Чтобы посмотреть на одну из «скандальных» комнат, идём на факультет биоинженерии и биоинформатики МГУ. Пожилые охранники не требуют с нас пропуск, только молча кивают Кондрашову. Заходим в небольшой коридор, направо – маленькая пустая комнатка. «Это не наша, наша вот та», – показывает учёный на помещение в конце коридора. Эта комната больше предыдущей, но никаких секвенаторов, микроскопов и колбочек, которые в воображении обычно сопутствуют образу биолога, в ней нет – только стремянка у окна, какие-то доски в углу, на полу банки с краской. В общем, следы незаконченного ремонта.

«Здесь будет стоять суперкомпьютер, – говорит Кондрашов. – В МГУ, конечно, есть “Ломоносов”, но нам нужен собственный, на котором мы сможем делать всё что захотим. Объём его памяти будет больше, чем у суперкомпьютера, на котором собирают геномы в Университете Торонто. У нас сейчас есть задачи, где такой большой объём памяти просто необходим. Но пока вся наука в нашей лаборатории делается на лэптопах, так как ничего ни у кого нет.

– Но ведь уже прошло достаточно времени. Победителей мегагрантов объявили ещё в октябре прошлого года.

– Да, грант был получен почти год назад.

В 2010 году не делалось ничего по причинам, которые я объяснить не могу. Потом, по местному обычаю, деньги на 2011 год были переведены в конце марта.

Так что в январе, феврале и марте можно было вообще ничего не делать с чистой совестью. А потом, в конце апреля, я приехал и устроил здесь скандал с употреблением слов, которые я даже и знать не должен. Тогда всё стало как-то продвигаться. Тут работы на две недели, конечно, если делать по-человечески. Количество усилий и бумаг, которые понадобились, чтобы это всё началось, не лезет ни в какие ворота.

Другая проблема, на которую у профессора Кондрашова тоже имеется свой зуб, – 94-ФЗ о госзакупках: «Мы [победители конкурса мегагрантов] по поводу этого закона ходили к Медведеву. Я лично рвал на себе рубаху, просил изменить этот закон. Президент обещал помочь. Буквально через два месяца в Думу прошла поправка, изменяющая этот закон. Но депутаты сейчас на каникулах, так что ждём. Кстати, всё начальство так испугалось нашего визита к президенту, что 94-ФЗ к нам применять перестали. Теперь мы оказались в привилегированном положении, и удалось сильно продвинуть оснащение лаборатории».

На вопрос о том, что будет через два года, когда грант закончится, Кондрашов отвечает: «Надеюсь, что лабораторию в каком-то виде удастся сохранить. Но если нет, буду писать своим аспирантам рекомендации в Гарвард и Стэнфорд».

– Каким же тогда будет результат этой программы, если даже молодёжь уедет?

– Все уедут, а оборудование останется. Наш суперкомпьютер морально не устареет ещё несколько лет. Опять же, геномный секвенатор «Иллюмина» останется. Будут ли ими пользоваться, я не знаю, но в МГУ есть люди, которые могли бы это делать.

РЕЙТИНГ

4.46
голосов: 26

Обсуждение